Інститут гідробіології НАН України з 2016 року здійснює підготовку наукових і науково-педагогічних кадрів третього освітньо-наукового рівня вищої освіти (аспірантура) з підготовки докторів філософії (PhD) за державним замовленням (денна) та на контрактній основі (вечірня, заочна) (Наказ МОН від 13.03.2023 № 86-л).

Нормативний строк підготовки доктора філософії в аспірантурі становить чотири роки. На навчання приймаються особи, які здобули ступінь магістра (освітньо-кваліфікаційний рівень спеціаліста).